La historia nos traslada a una ciudad distopica, concebida para ser perfecta, donde existe el cuidado para todo ser vivo, y a la que todos juran lealtad absoluta. Es allí donde Shion -un chico que creció en laelite- repentinamente pierde sus privilegios por proteger a un fugitivo de nombre Nezumi que portaba un VC (chip de violencia). Este le cuenta a Shion que la ciudad en realidad esta hecha para lavarle el cerebro a la gente, cosa que en el fondo el protagonista ya intuía. Cuatro años mas tarde, en medio de incidentes por los que se buscaculpar a Shion de cometer un crimen, Nezumi reaparece para salvarlo. Junto a el, descubrirá la verdad oculta detrás de esa ciudad ideal y perfecta conocida como Nº 6.