El templer i l'arquitecte té lloc en dos temps històrics. Entorn del 1300 un grup d'alquimistes templers lluita contra els pirates i alhora cerca la Pedra filosofal, malgrat un misteriós assassí que va delmant "Els set de la cripta". Al segle XX un estudiant vol fer la tesina sobre un arquitecte illenc, mort en circumstàncies molt estanyes. Prest es troba embolicat per una teranyina on hi ha neotemplers, especuladors, les claus per la Pedra Filosofal, un amor inusual...