L'argument de Fairy Tail ens explica les aventures dels protagonistes, en Natsu i la Lucy, que a vegades es veuen acompanyats per altres membres de la Confraria Màgica Fairy Tail.

La història comença amb la jove bruixa Lucy i la seva ambició de poder ser admesa a la Confraria Màgica Fairy Tail. En el seu viatge coneix en Natsu, un noi jove que està buscant l'Igneel un drac de foc que el va criar també anomenat Salamander, del qual en Natsu va heredar el seu poder i el seu sobrenom, i en Happy seu gat. Després de viure junts una breu aventura, la Lucy el convida a dinar i en Natsu li explica que l'Igneel és un drac mentre la Lucy li parla dels seus somnis d'unir-se a Fairy Tail. Al cap de poc, la Lucy és enganyada i segrestada per en Bora de la Prominència, que s'estava fent passar per un tal Salamandra de la confraria Fairy Tail i té la intenció de vendre la Lucy i altres noies com a esclaves. La Lucy és rescatada per en Natsu, que resulta ser l'autèntic Salamandra i un membre veritable de la Confraria Fairy Tail. Un cop rescatada en Natsu ofereix a la Lucy la possibilitat d'entrar a la confraria i ella accepta encantada. Des d'aquest moment en Natsu, la Lucy i en Happy formen un equip i comencen les seves aventures mentre compleixen missions per a Fairy Tail.