Indòmit és la història d'un home excèntric, brutal, capriciós i rebel, víctima de les contradiccions del trànsit de l'edat mitjana al Renaixement, que l'obliguen a ser un senyor medieval amb mentalitat renaixentista. És també la història d'una passió amorosa que duu els protagonistes, don Rodrigo de Mendoza, marquès del Cenete, senyor d'Alberic i d'Aiora, i Dona Maria de Fonseca, descendent d'una de les millors famílies de la noblesa castellana, a enfrontar-se a les convencions socials i els interessos dinàstics i econòmics de l'època, la qual cosa provoca un conflicte greu que fins i tot obliga a intervenir-hi la reina Isabel la Catòlica i el mateix papa de Roma.