La Guerra de las Alpujarras supuso la expulsión de los moriscos del Reino de Granada, incluido aquellos llamados ?de paces?, entre los que se encontraban los naturales de la villa de Benaoján.Con el extrañamiento de los disidentes benaojanos en el otoño de 1570 y la consecuente despoblación del pueblo, habitado en su mayoría por neoconversos, daba comienzo el proceso repoblador en esta villa de señorío, el cual se dilataría hasta finales de 1575. Para esas fechas se asentaron 66 familias de cristianos viejos procedentes de los territorios de la Corona de Castilla, en su mayoría originarios de estado del marquesado de Ardales (Teba, Almargen y Ardales) y de las poblaciones de Cañete la Real y Pruna.Fruto de todo este proceso es el corpus documental conocido como Libros de Apeo y Repartimiento o Libros de Población. Estos recogen los distintos documentos que se redactaron durante la confiscación de los bienes moriscos y el posterior reparto de estas propiedades en lotes de hacienda.