Este manga relata tres historias. La principal, Junjou Romantica, es sobre Usami y el hermano menor de su mejor amigo -y amor no correspondido-, Misaki. Usami es un famoso escritor de novelas, especialmente BL (boys love). Tras conocerse al Misaki necesitar de su ayuda para aprobar un examen de ingreso a una universidad, la curiosidad se desata cuando Misaki descubre las obras en las que trabaja Usami, y en las que inexplicablemente aparecen mencionados su hermano y él. Las otras dos historias son de aparición menos frecuente pero igual complementan a la historia principal: Junjou Egoist (sobre Hiroki, su amor no correspondido con Usami y su relación con Niwaki) y Junjou Terrorist (sobre Miyagi, el jefe de Hiroki, quien no logra dejar atrás su trágico pasado, y su relación con Shinobu).