Jugándose la supervivencia de la Humanidad, Nagate Tanikaze pilota su armadura plateada, el Tsugumori. Hace mil años, los Gauna destruyeron el Sistema Solar. El Sidonia, una gigantesca nave de transporte de semillas, viaja por el espacio manteniendo la propagación y reproducción del ser humano. Nagate Tanikaze, un chico que se crió en los niveles más bajos de la nave, se convierte en cadete de piloto de Guardián y recibe el permiso para pilotar el Tsugumori, una máquina que, a pesar de ser de anterior generación, goza de fama histórica. Se abre el telón de una lucha en la que Nagate se juega la vida.