Conan, Ran, Sonoko, Kogoro y los niños embarcan en un destructor Aegis de la Fuerza Marina de Autodefensa como parte de unas maniobras abiertas al público. Durante un simulacro de combate aparece una embarcación sospechosa y encuentran un brazo humano de origen desconocido dentro del destructor. Cuando Conan avanza con la investigación, descubre la existencia de "X", un infiltrado misterioso que es un espía de otro país. ¡Esta 17ª película es un intenso thriller de espionaje que ha contado con la colaboración de la Fuerza Marina de Autodefensa!