En 1765, Holbach y su fiel ayudante Jacques-André Naigeon publicaron en Ámsterdam, anónimamente, "El militar filósofo". El libro era en realidad una «adaptación» de un manuscrito que circulaba clandestinamente, escrito más de sesenta años antes, por otro autor anónimo, militar de profesión, que había titulado su obra Dudas sobre la religión propuestas al P. Malebranche. Holbach y Naigeon entraron de lleno en el manuscrito: redujeron su extensión a una cuarta parte y, sobre todo, acentuaron su anticristianismo y su tendencia panteísta. Se dice que Naigeon se encargó de los 19 primeros capítulos y que Holbach escribió el último.El "militar filósofo" existió en realidad y se llamaba Robert Challe. Nació en París en 1659, fue oficial de la Marina y recorrió el mundo, desde Canadá al Caribe y las Indias Orientales. Sus obras más conocidas son un diario de viaje (Journal d’un voyage fait aux Indes orientales) y su novela Les Illustres françaises. Escribió una continuación de Don Quijote. También unas Difficultés sur la religion de la que se conservan cuatro versiones manuscritas. Una de ellas fue utilizada por Holbach y Naigeon para "reelaborar" el libro y publicarlo en 1765 con el título de Le Militaire philosophe. En enero de 1768, Grimm escribió en su Correspondance littéraire: "Nos dicen que esta obra era conocida en manuscrito desde hace mucho tiempo, pero nunca había oído hablar de ella. Sea como fuere, es evidente que no ha salido de la fábrica de Ferney [Voltaire] ni de la que nos han llegado El cristianismo al descubierto, Teología de bolsillo y otros escritos de este tipo [Holbach]. Es una tercera fuente, realmente antigua o bien enteramente nueva y todavía desconocida». La fábrica sí era la de Holbach (y su editor en Ámsterdam, Marc-Michel Rey), la fuente era "antigua" (la de Robert Challe) y la voz nueva era, probablemente, la de Jacques-André Naigeon.Tras la muerte de Holbach, del que fue ayudante durante décadas, Naigeon (1738-1810) participó activamente en la Revolución francesa y fue miembro del Instituto de Francia y de la Academia francesa. Fue amigo de Diderot, colaborador de la Encyclopédie, autor de Mémoire sur la vie et les oeuvres de Diderot, que se publicó tras su muerte, y editor de las obras "completas" de Diderot y los Ensayos de Montaigne.

Según Jonathan Israel, "Le Militaire philosophe" fue traducido al castellano con el título de "El filósofo militar", circuló en copias manuscritas por España y la América hispana, y fue prohibido por la Inquisición en un edicto de 1777. Esta es la primera vez que se publica en castellano.