En 1647 publica Regius un pasquín con el programa "Explicación de la mente humana o del alma racional, que incluye la exposición de lo que es y de lo que puede ser". Henry de Roy (Henricus Regius Ultrajectinus), el más destacado representante de la nueva filosofía que había sido presentada en "El Discurso del método", eligió este formato con el fin de colocarlo en las puertas de los templos para facilitar su lectura. Hasta tal punto interesaron sus lecciones que los estudiantes obligaron a crear una segunda cátedra de medicina para él en la Universidad de Utrecht; en 1639 Regius pasó a ser profesor ordinario de medicina teórica y botánica, y gozaba de la confianza de Descartes.

La publicación de este programa marcó el distanciamiento entre Regius y Descartes. Éste responde con la obra aquí publicada, en la que se enfrenta a las tesis claves de su propio pensamiento a la vez que expone una dura descalificación de Regius y de su obra "Fundamenta Physicae". Las tensiones surgidas no fueron ajenas al deseo de Descartes de evitar la virulencia de los filósofos y teólogos. De hecho, llega a preguntar a Regius «¿qué necesidad existe de negar abiertamente las formas substanciales y las cualidades reales?».